Proof Code® Detector のホームページからアプリをダウンロードしてください。
http://web16.kazusa.or.jp/software/proofcode/

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Proof Code® Detector の動作には事前に cutadapt のインストールが必要となります。
cutadapt のインストールについては Q&A をご参照ください。

ダブルクリックで圧縮を展開します。

入力ファイルはカンマ区切りで「サンプル名」「SpikeIn配列名」となります。
エクセルの場合は保存の際に「CSV(コンマ区切り)(.csv)」を選択してください。

Excel でのデータ作成例：


CSV はテキストファイルで下記のようなものです。


下の例では「book1.csv」の名前で csv 保存しました。

類似しているサンプル名を使わないでください。
プログラムでは、前方一致するシーケンスファイルを全て合算して処理してしまいます。

例：
「sample1」と「sample10」の文字列では、一部に重複がみられます。
これらを混在させてしまった場合、「sample1」の処理では「sample10」のデータも合算して処理してしまいます。

1.sample1_S1_L001_R1_001.fastq.gz
2.sample10_S3_L001_R1_001.fastq.gz ← sample1 のみで判定したいのに sample10 のデータを含んで計算されてしまう

サンプル名を「sample1_S1」と「sample10_S3」などとすれば問題を避けられます。

1.sample1_S1_L001_R1_001.fastq.gz
2.sample10_S3_L001_R1_001.fastq.gz ← ファイル名の重複が解消され、両者を別々に計算

「book1.csv」を「Proof Code® Detector」にドラッグ＆ドロップします。

「book1.csv」を「Proof Code® Detector」にドラッグ＆ドロップします。

完了したら右下の「Quit」を押してアプリを終了します。

ランフォルダ内に解析結果 Results.txt が出力されます。


出力例：
クロスコンタミネーションが検出されなかった場合
解析結果 図表化
クロスコンタミネーションが検出された場合
解析結果 図表化

Proof Code® Detector ホームページにて Results.txt の図表化を行うことが出来ます。
Results.txt を選択して「ビジュアライズ実行」をクリックしてください。
処理が終わると画面に PDF ファイルへのリンクが表示されます。
PDF はご利用のブラウザまたはリンク先の保存等でダウンロードしてご覧いただけます。